Kernu mõis oli endine Kohatu mõisa osa, mille kuninganna Kristina eestkostevalitsus 1637. aasta 31. augustil konfirmeeris Johann von Neukirchi tütrele Magdalenale, kes abiellus Johann von Ulrichiga. 1663. aastast valdasid mõisa jagamatult lesestunud Magdalena von Ulrich ja nende lapsed, 1671. aastal aga üksnes poeg Ewert, kes märtsis 1680 pantis mõisa Diedrich Hasenkrugile (Hirschberg).
Diedrich von Hirschbergilt redutseeriti mõis (Klein Kohatt) 15. oktoobril 1688, kuid jäeti siiski endisele omanikule rendile. Diedrich v. Hirschbergi lesk Anna abiellus 1708 teistkordselt Rötgert Johann von Wrangelliga. Kuivõrd kindral Kruse ratsaväerügemendis rittmeistrina teeninud Diet. v. Hirschbergi poeg Nikolai langes 1709. aastal Dnepri jõel vangi ja suri Tobolskis ning Rötgert Johanni poeg esimesest abielust Otto Wilhelm v. Wrangell loobus oma pärimisõigusest, jäi mõis 1729 õe Margaretha Juliane abikaasale, Põllküla ja Pikaküla mõisate omanikule Berend Johann v. Wartmannile (omanikuna märgitud 1733). Berend Johann v. Wartmannilt päris mõisa tema ainuke poeg Friedrich Johann, aga 1744 aastaks oli mõis juba lese Agneta Helene v. Wartmanni (snd. Derfelden) valduses. Nende poeg, ülemmaakohtu assessor Berend Johann müüs 25. III. 1784 valduse enampakkumisel koos Kohatu mõisaga 28.000 hõberubla eest maanõunik ja kaks ametiaega Eestimaa Rüütelkonna peamehena ametis olnud krahv Berend Heinrich Tiesenhausenile ning asus ise koos perekonnaga elama vanaisale kuulunud sootuks tagasihoidlikumasse Põllküla mõisa.
Krahv Tiesenhauseni tütre, vabaproua Anna Dorothea Ungern-Sternbergi abikaasa, vabahärra Bernhard Heinrich Conrad Ungern-Sternbergi ja viimatinimetatu õe, krahvinna Anna Dorothea Bobrinsky vahel 2. augustil 1810 sõlmitud pärandijagamise lepingu kohaselt sai mõisa omanikuks vabahärra Bernhard Heinrich Conrad Ungern-Sternberg. Mõisaid hinnati seejuures 60.000 bankorubla vääriliseks.
Bernhard Heinrich Conrad Ungern-Sternberg lese Natalie ja laste vahel 7. märtsil 1853 sõlmitud pärandijagamise lepingu kohaselt jäi nüüd juba 45.700 hõberubla vääriliseks hinnatud mõisatepaar vanapoisist pojale Alexeile, kellelt päris 60.000 hõberubla väärt olevad valdused vanim vend Theodor. Alexei laskis 1853. aastal Hageri kalmistul oleva perekonnarahula kohale ehitada ka osaliselt tänaseni säilinud krüptkabeli.
Avalikul müügil 5. märtsil 1863 omandas mõisa Hermann Ferdinand Gotthard von Rosenthal, kelle lesk Olga Cäcilie Justine Viktoria (snd. parunipreili Rosen) müüs valdused 5. juunil 1880 riiginõunik Ernst von Kotzebuele. Tema asutas Kernu mõisasüdame esise paisjärve saarele perekonnakalmistu. 28. aprillil 1908 müüs ta valduse edasi Tõnis Saarmannile ning tema 30. septembril 1911 omakorda Edgar Schmidtile, kellelt 16. märtsil 1917 ostis mõisa kindral-major Nikolai Wrangell, Luua vabahärra. Nikolai Wrangelli onupoeg, Luua vabahärra Peter von Wrangell sai tuntuks kui üks juhtivamaid Kodusõja kindraleid ning hiljem monarhistlike emigrantide sõjaväelisi liidreid.
Kompleks
18. sajandi lõpul, mil mõis kuulus Tiesenhausenitele, hakati esinduslikult välja ehitama mõisakeskust. Vabahärra Ungern-Sternberg lasi aastail 1810–1813 Kernu mõisa härrastemaja klassitsistlikus stiilis ümber ehitada. Hoone arhitektiks peetakse Carl Ludvig Engelit.
Hoone fassaadi keskel paikneb nelja joonia stiilis sambaga ja kolmnurkfrontooniga portikus, härrastemaja tagakülje keskel paikneb neljale ümarsambale toetuv poolrotund. Hoonel olid varem ka pikad tiibgaleriid, mis lõppesid kahekorruseliste ehitistega nende otstes, kuid kaasajal on need hävinud.
Endises mõisa härrastemaja paiknes aastakümneid hooldekodu, kuni 2013. aastal omandas mõisa AS Evore. Alustati suureulatuslike renoveerimistöödega ja tänaseks on avatud peahoone tiivas Kernu mõisakohvik Ludvig. Kompleks on plaanis taastada endises ilus avalikuks kasutamiseks koos hotelli, seminari-, konverentsikeskuse ja restoraniga.
Kõrvalhoonetest on hävinenud viinavabrik. Tall, küün, tõllakuur ja osaliselt säilinud veski renoveeritakse.